Een nagenoeg volledige bibliografie van zelfstandig verschenen publikaties tot het jaar 1967 is te vinden in de bibliografie van de hand van Bauke van der Veen in In fiemmannich, bydragen ta de sechstichste jierdei fan ds. J.J. Kalma, Leeuwarden 1967, p. 19-61.

Kalma zelf heeft in zijn bibliografie Over het werk van J.J. Kalma (1987), en in die over het socialisme van 1840-1975, beide op het F.L.M.D., bijdragen van zijn hand in De Blijde Wereld en in Tijd en Taak tot 1940 opgenomen. Een lijst van zijn belangrijkste publikaties in boekvorm heeft Freark Dam verwerkt in diens reeds vermelde kroniek.

Aangevuld met sindsdien in boekvorm verschenen publikaties zijn aan Dams keuze uit de jaren tussen 1967 en 1982 nog toe te voegen:

Friese 'Vaderlandsche gezichten' [1790]. (Facsimile-uitgave.) Leeuwarden 1968.

C. Koeman & J.J. Kalma (ed.), [B. Schotanus à Sterringa], Uitbeelding der heerlijkheit Friesland [1718]. Leeuwarden 1970 (tweede druk Amsterdam/Leeuwarden 1979).

Grote Pier van Kimswerd. Leeuwarden 1970.

D. de Vries & J.J. Kalma (ed.), [Chr. Schotanus], Beschrijvinge van de heerlijckheydt van Frieslandt [1664]. Leeuwarden 1978.

Een kerk in opbouw. Classisboek Franeker 1636- 1658. Leeuwarden 1983.

Herdenkingsrede ter gelegenheid van Leeuwarden 700 jaar stad. Leeuwarden 1985.

Mensen in en om de Grote Kerk Beelden uit de Leeuwarder kerkgeschiedenis. Leeuwarden 1987.

Een kerk onder toezicht. Friese synodeverslagen 1621-1650. Leeuwarden 1987.

Een kerk onder toezicht. Friese synodeverslagen 1651-1675. Leeuwarden 1990.

Een kerk onder toezicht. Friese synodeverslagen 1676-1700. Leeuwarden 1990.

De belangrijkste artikelen sinds 1967 zijn verschenen in De vrije Fries en het Biografisch woordenboek van het socialisme en de arbeidersbeweging in Nederland.

Sinds 1975 stelde Kalma een groot aantal, zeer waardevolle bibliografieën samen, die niet in druk verschenen. De Provinciale Bibliotheek van Friesland te Leeuwarden heeft er een nagenoeg volledige collectie van. Ook het F.L.M.D. te Leeuwarden bezit er enkele. Een lijst van Kalma's bibliografieën zal in 1993 worden gepubliceerd in Dokumentaal.