In 1959 nam hij weer kerkelijke bestuursfuncties op zich en richtte hij zich weer meer op de praktische problemen van de samenleving. Zo werd hij tot 1965 voorzitter van de Vereniging van Vrijzinnig-Hervormden in Friesland (V.V.H.) en lid van het bestuur van de Provinciale Kerk vergadering, terwijl hij in 1960 in de serie van het Sociologisch Instituut der Nederlandse Hervormde Kerk onder de titel Dorpen willen leven een studie publiceerde over de problemen van de ontvolking op het Friese platteland en hoe die volgens hem aangepakt zouden moeten worden. Binnen een paar jaar had hij op vijftig dorpen lezingen over het onderwerp gehouden. Onder aanvoering van Kalma oefende het Friese bestuur van de V.V.H. kritiek uit op het 'ouderwetse' beleid van het hoofdbestuur en eiste een eigen beleid om een adequaat antwoord te kunnen geven op schaalvergroting en ontvolking. Men wilde meer nadruk op 'samen hervormd' zijn. In zijn nieuwe gemeente Sneek smaakte hij het genoegen vrijzinnig en rechtzinnig met ingang van 1963 bijeen te helpen brengen. In zijn Sneker tijd werd hij ook visitator-provinciaal, een functie die hij tot 68 vervulde.

   Toch trok de studie hem weer, die ook in Sneek al weer haar rechten had doen gelden. Op verzoek van de jubilerende Friese kaatsbond schreef hij er een geschiedenis van het kaatsen in Friesland (1961), die in brede kring veel waardering vond. Ook zijn Om Gysbert Japiks hinne werd hier geschreven, in de roes die heel cultureel Friesland toen, met de driehonderdste sterfdag van de dichter in het vooruitzicht, had bevangen.

   In 1964 verliet hij Sneek voor het kleine Boyl. Het werk in het nogal onkerkelijke dorp viel hem zwaar en het was voor hem een uitkomst dat hij wegens rugklachten in 1968 vervroegd met emeritaat kon gaan. Voortaan zou hij zich helemaal tot de studie van de Friese geschiedenis kunnen bepalen.

   Na 1964 schonk hij zijn beste krachten aan verschillende projecten van de Fryske Akademy, waarbij Kalma opnieuw in conflicten verwikkeld raakte. Maar zonder zijn werkkracht zouden zij wellicht niet tot een goed einde zijn gebracht: het handboek Geschiedenis van Friesland (1968), de Joost Halbertsma-herdenking (1969) en bescheidener van omvang de publikaties over Waling Dykstra (1971), het jaar 1672 (1972) en T.G. van der Meulen (1974). In dit verband kan ook genoemd worden de monografie over de Friese schilder Ids Wiersma, waaraan hij samen met anderen in 1965 was begonnen, maar die pas uitkwam toen zijn deel al tien jaar klaar was. Die conflicten waren niet nieuw en hebben misschien wel bij de gedreven Kalma gehoord. Kalma verwachtte veel van een goede organisatie en ergerde zich aan wat hij als een tekort aan inzet ervoer. Het verwijt van gebrek aan tact en geduld dat hem op zijn beurt door velen gemaakt is, was misschien wel terecht (al was het Kalma zelf die het meeste onder zijn prestatiedwang leed), maar zeker is het ook wel eens een dooddoener geweest. Achtergrond van dat verwijt was wellicht de wens om, anders dan Kalma geneigd was te doen, personen en zaken gescheiden te houden.

   Nadat hij omstreeks 1973 zijn eigen projecten was gaan kiezen, kwam hij in rustiger vaarwater. Sedertdien bestond zijn dagelijks werk uit de samenstelling van bibliografieŽn (waarvan hij er een paar honderd heeft vervaardigd, over een breed gebied van de sociale en culturele geschiedenis) en de uitgave van de oudste Friese classis en synodeverslagen. Dat werk bracht hem bovendien in andere kringen dan hoofdzakelijk Friese, waarin dankbaarheid voor samenwerking en waardering kon groeien. Zo beleefde hij veel vreugde aan het schrijven over het socialisme in Friesland, dat onder meer resulteerde in Er valt voor recht te strijden: de roerige dagen rond 1890 in Friesland (1978), en aan zijn biografie van P.J. Troelstra (1981, als historische inleiding op de Samle fersen van de dichter). Een andere oude liefde kreeg vorm in de geschiedenis van de hervormde kerken van Bolsward (1981) en Leeuwarden (1987), van de kerk in Friesland (1983, in samenwerking met dr. H. Oldenhof), en vond haar bekroning in een eredoctoraat in de godgeleerdheid aan de Rijksuniversiteit van Groningen (1984). Ook vond hij in zijn laatste levensjaren veel voldoening in de tweemaandelijkse bijeenkomsten met een kleine kring van emeriti en hun echtgenotes, die sinds 1984 om beurten bij een van hen thuis in vriendschappelijke sfeer onder zijn leiding werden gehouden.